LEGO Marvel Super Heroes apresenta uma história original atravessando todo o Universo Marvel. Jogadores assumem o controle do Homem de Ferro, Homem-Aranha, Hulk, Capitão América, Wolverine e muitos outros personagens da Marvel, enquanto eles se unem para impedir Loki e uma série de outros vilões da Marvel de montar uma super-arma capaz de destruir o mundo. Os jogadores vão perseguir Bricks cósmicos enquanto viajam através de uma Manhattan de LEGO e visitam locais importantes do universo Marvel, como Stark Tower, Asteróide M, uma base da Hydra e a mansão dos X-MEN.